Одним із основних чинників фрагментації Web3 є існування кількох блокчейнів, кожен зі своєю унікальною екосистемою. Відомі блокчейни, такі як Ethereum, Solana та Binance Smart Chain, серед інших, пропонують відмінні функції, переваги та обмеження. 
Незважаючи на те, що це розмаїття символізує інновації та спеціалізацію, воно також створює розбіжності, де користувачі та розробники обмежені певними екосистемами. Для плавного переходу між цими блокчейнами часто потрібні складні мости або рішення сторонніх розробників, що може створити ризики для безпеки та неефективність. Ця фрагментація обмежує можливості користувачів використовувати всю свою цифрову ідентичність на різних платформах.